نمیتونید لیست روتینگها رو در زمان اجرا و پس از start دستکاری کنید (اینطوری طراحی شده). در مورد کار با ساب دومین مطلب در سایت هست: آموزش ساخت و کار با subdomain در حالت لوکال هاست
ضمنا میشه یک برنامهی asp.net رو در app domainهای جداگانهای اجرا کرد (با تنظیمات مسیریابی جدا و مخصوص هر کدام). برای اینکار فقط کافی هست که یک application pool جداگانه به ازای هر مشتری درست کنید.